Quatre músics moren en mans d'un assassí en sèrie que deixa parts d'una flauta travessera a l'escenari del crim. Ja falta poc per al concert inaugural de l'auditori Domoto, i la vida de la soprano Reiko Akiba també corre perill. En Conan intentarà protegir-la i haurà d'esbrinar qui ha comès els crims per poder aturar les explosions que amenacen de destruir el nou auditori.