La Shoko Amemiya ha desaparegut. En Conan i l'Ai sospiten que la desaparició no tingui a veure amb ells perquè la Shoko s'assembla a l'Ai i perquè el professor de l'escola de la Shoko acabava e canviar. Podria ser que el professor nou fos un membre de l'Organització? Quan en Conan i els altres van a l'escola a investigar, el professor nou no para de llançar-los mirades estranyes. A més, el veí de la Shoko, amb qui han anat a parlar, els assegura que la noia havia sortit de bon matí per anar tranquil·lament cap a l'escola...