Encara que sembli increïble, acaba de tornar l'arxienemic dels Pingüins de Madagascar, el doctor Bufanàs, i aquesta vegada amb ganes de venjança. Feia mesos que els espiava amb una supertecnologia d'avantguarda d'últim model i per fi ha trobat el seu taló d'Aquil·les. Ha capturat el rei Julien! I l'han de rescatar abans que en Bufanàs destrueixi tot el planeta!