A l'escola infantil de Beika, a la classe dels cirerers, en Shinichi coneix la Ran i comença a observar coses estranyes en el comportament del seu professor. Les sospites i les deduccions del jove Conan, que ja apunta que serà un gran detectiu, fan que el seu pare també comenci a investigar i resolgui un misteri que hauria acabat amb el segrest d'una nena de l'escola.