En Conan ha de desxifrar els dos codis que queden, i trobar les càpsules del temps enterrades fa 15 anys per la colla d'amics que van representar junts "La llegenda de Momotaro". Fa 15 anys, els 5 membres del grup que van fer la representació van posar en una càpsula del temps coses que trobaven valuoses. Després, es van intercanviar les càpsules, i cadascú les va enterrar pel seu compte. Els membres de la Lliga de Detectius Júnior les han desenterrat per resoldre el misteri de l'assassinat de la Seiko, i la veritat és que... si a totes les càpsules hi han trobat una nota, com és que a la càpsula d'en Momoi no n'hi ha cap? I què hi té a veure amb tot plegat la mort fa quinze anys d'en Shunya, el noi que la Seiko va recordar en una conversa amb en Conan? Quina relació tenien, en realitat, en Momoi i en Shunya?