El detectiu Conan està convidat a assistir al primer viatge amb vaixell de la marina del Japó, l'Aegis, equipat amb la tecnologia més avançada. Tot i així, durant la travessa, apareix un oficial de la marina mort i sense el braç esquerre. En la investigació, en Conan descobreix que un espia anomenat X ha pujat al vaixell. La pregunta és: amb quines intencions?