En la seva primera etapa com a president del Barça, la relació que Joan Laporta va teixir amb l'anterior president de la federació espanyola, Ángel Maria Villar, va posicionar el Barça de manera notable a Las Rozas i va servir per defensar amb més garanties els interessos del club blaugrana a Madrid. Ara que comença la seva segona etapa com a president, Joan Laporta està treballant per tenir una relació molt pròxima i molt directa amb la federació espanyola i, més concretament, amb el president Luis Rubiales. Laporta va ser nomenat membre de la junta directiva de la federació espanyola a finals de març i des d'aleshores ja ha tingut més d'una trobada presencial amb Luis Rubiales. El president del Barça es va desplaçar a Madrid per seguir en directe la final de la Copa de futbol sala, que el Barça va perdre contra l'Inter. A la llotja del Wizink Center va coincidir amb Rubiales en persona per primera vegada després de les eleccions del 7 de març.   El divendres 9 d'abril, la federació espanyola va organitzar a Las Rozas una reunió de treball per preparar la final de la Copa entre el Barça i l'Athletic del 17 d'abril a Sevilla. Els últims anys, els representants del Barça en aquest tipus de reunions havien estat habitualment alts executius, com Òscar Grau o Albert Soler. Laporta va preferir no delegar i va fer el viatge a Madrid per assistir personalment a aquesta reunió. Aquest dijous 15 d'abril, el Barça de futbol sala torna a jugar una final a Madrid, la de la Supercopa, també contra l'Inter. Laporta també es desplaçarà a Madrid i tornarà a coincidir amb Rubiales. I, evidentment, aquest dissabte 17 d'abril, en motiu de la final de la copa a Sevilla, els presidents del Barça i la federació espanyola tornaran a coincidir unes hores. La relació entre Joan Laporta i Luis Rubiales ve de lluny, dels últimes mesos de la primera etapa de Joan Laporta com a president del Barça i dels primers passos de Rubiales com a president de l'AFE. Rubiales es va convertir en president del sindicat de futbolistes el març de 2010 i en aquell moment va començar a tenir una relació de certa complicitat amb Laporta. El marcatge de Rubiales a Messi En una de les trobades recents i aprofitant la complicitat entre els dos presidents, Joan Laporta va fer memòria i va recordar a Luis Rubiales un partit al Camp Nou de la seva època de president que va enfrontar el Barça i el Llevant amb Luis Rubiales com a jugador del club de València. Laporta va dir a Rubiales que recordava perfectament que en aquell partit, l'únic que Rubiales va jugar contra Messi, l'actual president de la Federació Espanyola de Futbol va ser l'encarregat de fer el marcatge de Messi i li va sortir prou bé. El Barça va acabar guanyant per 1-0 amb gol d'Eto'o. El partit es va jugar al Camp Nou el 29 d'abril del 2007 i aquella temporada el Barça va acabar perdent la lliga per l'average amb el Madrid.