15 anys després de l'accident del Yashiromaru I, on hi van morir el capità i un membre de la tripulació, en Conan i companyia se'n van de vacances en un creuer de luxe de la mateixa empresa del vaixell accidentat. Els sorprenents assassinats del director del Grup Yashiro i de la seva filla a bord del creuer fan que, de cop, les vacances dels nostres herois es converteixin en un autèntic malson. I és que després d'un seguit d'explosions l'enfonsament de l'Afrodita, el creuer de luxe, és imminent. Aquets cop, a més de resoldre el misteri dels assassinats, en Conan també haurà de salvar la vida dels seus amics, i de tots els passatgers de l'Afrodita!